Исполнительный директор — Первый проректор СПбГУ по учебной работе Марина Юрьевна Лаврикова.
Исполнительный директор осуществляет оперативное руководство деятельностью организации, координирует взаимодействие членов Президиума Совета ректоров вузов СЗФО, обеспечивает взаимосвязь с органами государственной власти, внешними организациями и зарубежными партнерами. Исполнительный директор Совета назначается на должность решением учредителя с согласия Президиума Совета на срок от одного года до пяти лет.